윤성열 대통령은 중앙선거관리위원회의 전산 시스템이 보안에 취약하다고 주장하며 강제 수사를 지시했다. 이에 따라 부정 선거 의혹이 제기되었고, 중앙선거관리위원회는 이러한 의혹을 조목조목 반박했다. 특히, 21대 총선 수도권 사전 투표에서 민주당과 미래통합당의 득표율이 일정하다는 음모론에 대해, 각 지역의 득표율이 다르며 전국적으로도 특정 비율이 나온 선거구는 극소수에 불과하다고 설명했다. 또한, 투표 과정의 보안이 철저히 유지되고 있어 음모론이 사실이 아님을 강조했다. 국정원도 선관위의 IT 장비 점검 결과 부정 선거 여부를 판단할 수 없었다고 밝혔다.